MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Madrid E chromosome

Total Repeats: 22306

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000963	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603882
2	NC_000963	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603882
3	NC_000963	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603882
4	NC_000963	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603882
5	NC_000963	T	6	6	293	298	0 %	100 %	0 %	0 %	15603882
6	NC_000963	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	15603882
7	NC_000963	ATG	3	9	392	400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603882
8	NC_000963	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603882
9	NC_000963	TAG	3	9	572	580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603882
10	NC_000963	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603882
11	NC_000963	AG	3	6	685	690	50 %	0 %	50 %	0 %	15603882
12	NC_000963	TGAT	2	8	734	741	25 %	50 %	25 %	0 %	15603882
13	NC_000963	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603882
14	NC_000963	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603882
15	NC_000963	AT	3	6	787	792	50 %	50 %	0 %	0 %	15603882
16	NC_000963	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	15603882
17	NC_000963	ATAA	2	8	815	822	75 %	25 %	0 %	0 %	15603882
18	NC_000963	ACA	2	6	927	932	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603883
19	NC_000963	ACA	2	6	963	968	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603883
20	NC_000963	GTG	2	6	1064	1069	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15603883
21	NC_000963	ATA	2	6	1095	1100	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603883
22	NC_000963	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	15603883
23	NC_000963	TGA	2	6	1154	1159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603883
24	NC_000963	TGT	2	6	1210	1215	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15603883
25	NC_000963	CAA	2	6	1254	1259	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603883
26	NC_000963	A	7	7	1258	1264	100 %	0 %	0 %	0 %	15603883
27	NC_000963	TAA	2	6	1283	1288	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603883
28	NC_000963	A	6	6	1411	1416	100 %	0 %	0 %	0 %	15603884
29	NC_000963	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603884
30	NC_000963	A	6	6	1481	1486	100 %	0 %	0 %	0 %	15603884
31	NC_000963	AT	3	6	1546	1551	50 %	50 %	0 %	0 %	15603884
32	NC_000963	TGC	2	6	1590	1595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15603884
33	NC_000963	ACAG	2	8	1629	1636	50 %	0 %	25 %	25 %	15603884
34	NC_000963	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	15603884
35	NC_000963	TA	3	6	1664	1669	50 %	50 %	0 %	0 %	15603884
36	NC_000963	ATA	3	9	1667	1675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603884
37	NC_000963	A	7	7	1693	1699	100 %	0 %	0 %	0 %	15603884
38	NC_000963	GTA	2	6	1733	1738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603884
39	NC_000963	TGA	2	6	1833	1838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603884
40	NC_000963	GCA	2	6	1846	1851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603884
41	NC_000963	TTAAT	2	10	1880	1889	40 %	60 %	0 %	0 %	15603884
42	NC_000963	GAA	2	6	1890	1895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603884
43	NC_000963	AAT	2	6	1920	1925	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603884
44	NC_000963	TCA	2	6	1932	1937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603884
45	NC_000963	AGA	2	6	1938	1943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603884
46	NC_000963	TTA	2	6	1975	1980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603884
47	NC_000963	GAT	2	6	1999	2004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603884
48	NC_000963	ACA	2	6	2037	2042	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603884
49	NC_000963	TAA	2	6	2046	2051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603884
50	NC_000963	T	8	8	2075	2082	0 %	100 %	0 %	0 %	15603885
51	NC_000963	A	6	6	2085	2090	100 %	0 %	0 %	0 %	15603885
52	NC_000963	T	6	6	2150	2155	0 %	100 %	0 %	0 %	15603885
53	NC_000963	ATA	2	6	2193	2198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603885
54	NC_000963	T	7	7	2210	2216	0 %	100 %	0 %	0 %	15603885
55	NC_000963	TTA	2	6	2223	2228	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603885
56	NC_000963	AG	3	6	2238	2243	50 %	0 %	50 %	0 %	15603885
57	NC_000963	AGTA	2	8	2291	2298	50 %	25 %	25 %	0 %	15603885
58	NC_000963	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603885
59	NC_000963	A	7	7	2345	2351	100 %	0 %	0 %	0 %	15603885
60	NC_000963	T	7	7	2369	2375	0 %	100 %	0 %	0 %	15603885
61	NC_000963	TA	3	6	2401	2406	50 %	50 %	0 %	0 %	15603885
62	NC_000963	TTTTA	2	10	2441	2450	20 %	80 %	0 %	0 %	15603885
63	NC_000963	ATA	2	6	2478	2483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603885
64	NC_000963	TG	3	6	2517	2522	0 %	50 %	50 %	0 %	15603885
65	NC_000963	TTAT	2	8	2602	2609	25 %	75 %	0 %	0 %	15603885
66	NC_000963	AT	3	6	2661	2666	50 %	50 %	0 %	0 %	15603885
67	NC_000963	TAAT	2	8	2716	2723	50 %	50 %	0 %	0 %	15603885
68	NC_000963	ATG	2	6	2739	2744	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603885
69	NC_000963	TAA	2	6	2746	2751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603885
70	NC_000963	TTA	2	6	2773	2778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603885
71	NC_000963	ATTTA	2	10	2794	2803	40 %	60 %	0 %	0 %	15603885
72	NC_000963	TTAT	2	8	2824	2831	25 %	75 %	0 %	0 %	15603885
73	NC_000963	A	6	6	2888	2893	100 %	0 %	0 %	0 %	15603886
74	NC_000963	CTC	2	6	2970	2975	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15603886
75	NC_000963	TC	3	6	2974	2979	0 %	50 %	0 %	50 %	15603886
76	NC_000963	ATT	2	6	2981	2986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
77	NC_000963	ATT	2	6	2994	2999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
78	NC_000963	T	6	6	3037	3042	0 %	100 %	0 %	0 %	15603886
79	NC_000963	AAG	2	6	3066	3071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603886
80	NC_000963	ATT	2	6	3107	3112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
81	NC_000963	A	7	7	3151	3157	100 %	0 %	0 %	0 %	15603886
82	NC_000963	GCAAA	2	10	3251	3260	60 %	0 %	20 %	20 %	15603886
83	NC_000963	GAA	2	6	3281	3286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603886
84	NC_000963	AGC	2	6	3310	3315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603886
85	NC_000963	TGC	2	6	3322	3327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15603886
86	NC_000963	TTA	2	6	3343	3348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
87	NC_000963	TCA	2	6	3359	3364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603886
88	NC_000963	AT	3	6	3393	3398	50 %	50 %	0 %	0 %	15603886
89	NC_000963	CAA	2	6	3410	3415	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603886
90	NC_000963	A	8	8	3425	3432	100 %	0 %	0 %	0 %	15603886
91	NC_000963	GAT	2	6	3440	3445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603886
92	NC_000963	A	7	7	3446	3452	100 %	0 %	0 %	0 %	15603886
93	NC_000963	A	7	7	3465	3471	100 %	0 %	0 %	0 %	15603886
94	NC_000963	GA	3	6	3473	3478	50 %	0 %	50 %	0 %	15603886
95	NC_000963	T	7	7	3502	3508	0 %	100 %	0 %	0 %	15603886
96	NC_000963	ATT	2	6	3537	3542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603886
97	NC_000963	TATT	2	8	3544	3551	25 %	75 %	0 %	0 %	15603886
98	NC_000963	A	6	6	3678	3683	100 %	0 %	0 %	0 %	15603886
99	NC_000963	AGC	2	6	3723	3728	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603886
100	NC_000963	GCA	2	6	3763	3768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15603887
101	NC_000963	AGA	2	6	3861	3866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
102	NC_000963	AT	4	8	3895	3902	50 %	50 %	0 %	0 %	15603887
103	NC_000963	CTT	2	6	3904	3909	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603887
104	NC_000963	TAT	2	6	4012	4017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
105	NC_000963	TTA	2	6	4018	4023	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
106	NC_000963	AGAA	2	8	4131	4138	75 %	0 %	25 %	0 %	15603887
107	NC_000963	AAC	2	6	4195	4200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15603887
108	NC_000963	GA	3	6	4225	4230	50 %	0 %	50 %	0 %	15603887
109	NC_000963	AAT	3	9	4231	4239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
110	NC_000963	TGA	2	6	4403	4408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603887
111	NC_000963	CTAATA	2	12	4442	4453	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	15603887
112	NC_000963	TGA	2	6	4454	4459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603887
113	NC_000963	ATA	2	6	4477	4482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
114	NC_000963	GGT	2	6	4486	4491	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15603887
115	NC_000963	CTT	2	6	4496	4501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15603887
116	NC_000963	TA	3	6	4564	4569	50 %	50 %	0 %	0 %	15603887
117	NC_000963	AGA	3	9	4584	4592	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
118	NC_000963	GAA	2	6	4606	4611	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
119	NC_000963	AAG	2	6	4637	4642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
120	NC_000963	GAA	2	6	4654	4659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
121	NC_000963	A	6	6	4662	4667	100 %	0 %	0 %	0 %	15603887
122	NC_000963	TAA	2	6	4674	4679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
123	NC_000963	GGA	2	6	4684	4689	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15603887
124	NC_000963	TAT	2	6	4699	4704	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
125	NC_000963	TAAAT	2	10	4734	4743	60 %	40 %	0 %	0 %	15603887
126	NC_000963	TAC	2	6	4857	4862	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15603887
127	NC_000963	A	6	6	4885	4890	100 %	0 %	0 %	0 %	15603887
128	NC_000963	AGT	2	6	4924	4929	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15603887
129	NC_000963	ATA	2	6	4982	4987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
130	NC_000963	GTAGT	2	10	5045	5054	20 %	40 %	40 %	0 %	15603887
131	NC_000963	AAG	2	6	5075	5080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15603887
132	NC_000963	TTA	2	6	5090	5095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
133	NC_000963	ATT	2	6	5162	5167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
134	NC_000963	TAA	2	6	5184	5189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15603887
135	NC_000963	AATA	2	8	5190	5197	75 %	25 %	0 %	0 %	15603887
136	NC_000963	TCAC	2	8	5229	5236	25 %	25 %	0 %	50 %	15603887
137	NC_000963	TGC	2	6	5241	5246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15603887
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139	NC_000963	ATT	2	6	5285	5290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15603887
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270	NC_000963	TGT	2	6	11698	11703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15603892
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